Per qualche osservatore, l'organizzazione dei Fratelli musulmani (Jama'a al-Ikhwan al-Muslimin), fondata da Hasan al-Banna a Port Said, in Egitto, nel 1928, è diventata quasi sinonimo di islamismo, l'utopistica ideologia radicale che cerca di rendere ricchi e potenti i musulmani attraverso l'applicazione rigida e assoluta della Shari'a, la legge islamica. Si sente dire che i Fratelli musulmani forniscono le idee chiave, che si introducono nel governo americano, che ispirano il nuovo califfato, che dominano lo Stato turco e altro ancora.
Ma questo è inesatto: se i Fratelli musulmani sono un'istituzione importante di portata internazionale, sono altresì 1) un'organizzazione specifica che 2) rappresenta solo uno dei diversi filoni islamisti in conflitto tra loro. Tra gli altri filoni principali figurano il wahhabita, il khomeinista e il deobandi. Diverse e contrastanti sono la visione sciita e quella sunnita, ognuna con le proprie tattiche e i propri seguaci. Per fare un parallelismo, si pensi ai vari filoni comunisti in contrasto tra loro: troskista, stalinista, titoista, maoista e così via.
Ad esempio, è stata la dottrina wahhabita dell'Arabia Saudita, e non i Fratelli musulmani, a generare gruppi come i talebani, al Qaeda e lo Stato islamico dell'Iraq e della Siria. Pertanto, i "Fratelli musulmani" dovrebbero essere considerati un'organizzazione e non come sinonimo di "islamismo".
